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LC/MS/MSのData Dependent Acquisitionにおける多価イオン設定に関する注意点

プロテオミクスの研究者の中には、LC/MS/MSData Dependent AcquisitionDDA)の機能を使ってプロダクトイオンを取得し、タンパク質の同定を行っている方が沢山いらっしゃると思います。分子量にも依りますが、ペプチドの多くはESIにおいて多価イオンを生成するために、DDAの設定で“多価イオンのみをプリカーサーイオンとして選択する”機能を使う場合が殆どです。

 

この機能は、高分解能質量分析計で用いられる場合が多く、多価イオンであるか否かをシステムが認識するのは、同位体ピークの分離挙動だと推測されます。即ち、図1に示すように同位体ピークのm/z間隔が、1価イオンは1、2価イオンは1/23価イオンは1/3になる事に依るものです。

 

多価イオン-1

図1 イオンの価数と同位体ピークの分離挙動

 

ここで、ESIでは試料成分の濃度が高い時、クラスターイオンが生成される事が知られています。そして問題になるのが、クラスターイオンの多価イオンも生成される事があると言うことです。

 

例えばペプチド混合物の中に、ノミナル質量500と言う低分子化合物が大量に含まれていて、イオン化されたとします。ここで、図2(a)に示す様にプロトン付加分子のみが観測されれば、全く問題はありません。しかし、図2(b)のように、2量体の2価イオンが1価イオンに重なって観測されると、システムはこのイオンをノミナル質量1,000の化合物の2価イオンであると誤認識してしまい、プロダクトイオンスペクトルを測定してしまいます。

多価イオン-2

図2 (a) 1価イオンの同位体パターン、(b) 二量体の2価イオンが重なったパターン

 

通常の低分子化合物の2量体の2価イオンからのプロダクトイオンスペクトルは、ペプチドとは似ても似つかないパターンになると思われるので、タンパク質データベースで検索しても何もヒットしてこないとは思いますが、排除するに越したことはないですね。同位体ピークの強度比を見れば一目瞭然なので、生データを見れば容易に排除できます。ソフトに100%頼る事なく、生データを見る癖をつける事をお勧めします。

 

マススペクトル解析のコツなど、質量分析のコンサルティングを3月末まで限定の割引価格で引き受けています。

 

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エムエス・ソリューションズ株式会社
代表取締役 髙橋 豊
E-mail: tyutaka@ms-solutions.jp
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LC/MS/MSによる生体試料中未知成分の構造推定の継続ご依頼

昨年度何度か、ある企業様から、C/MS/MSにより得られたプロダクトイオンスペクトルから生体試料中未知成分の構造推定のご依頼を頂いていました。今年度も年末押し迫った時期になってからご依頼頂きました。3月にご依頼があってから9か月間無かったので、今年度はもうないのかと半ば諦めていましたが、ご依頼頂けて良かったです。実際の作業は年明けからですが、1月の予定がまだがら空き状態だったので、嬉しい限りです。

 

このお客様には、今まで相当数の未知成分の構造推定のご依頼を頂いており、結果に満足して頂いているようで、私のLC/MS/MSデータの解析技術を信頼してくれています。

 

年明けから、週初めの2日間は浜松医大出張、残りの日の多くは、この未知成分の構造推定に充てる事になります。

 

しかし、月に2~3日であればまだLC/MSコンサルティングや技術指導のご依頼を受けられます。3月までの期間限定で、LC/MS診断&1日コンサルティングを格安でお受けしています。この機会に是非ご利用下さい。

 

 

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企業様でのLC/MSインハウスセミナー

先週木曜日(12/6)、久しぶりに企業様のインハウスセミナーで講師を務めてきました。代理店をお願いしているアルテア技研㈱の若い(確か入社3年目位?)営業の人が持ってきてくれた仕事でした。アルテア技研はソルナックチューブの営業をしてくれる人が殆どで、それ以外のセミナー講師やコンサルティングの仕事を取って来てくれたのは、彼が初めてでした。

 

まぁ、こう言う事を扱った経験は誰にも無いでしょうから、営業すると言ってもなかなか難しいとは思っていましたから、正直余り期待はしていなかったのですが...

とても嬉しかったですね

 

テーマはLC/MS(/MS)による定性分析。内容は、イオン化や質量分析計の原理から始め、マススペクトルやMS/MSにより得られるプロダクトイオンの解析に対する基本的な考え方や、役立つツールの紹介など。また、以前にセミナー内容に関する打ち合わせにお邪魔した際、実際にお客様のところで分析する系統の化合物のフラグメンテーション解析に対する説明を依頼されたのですが、私自身その種の化合物は分析した経験がなかったので、標品をお預かりしてMS/MSを測定し、その解析についても解説をしてきました。

 

13時スタートで、時々質問を受けながら17時まで4時間。終了後、担当責任者の方から、“とても濃い充実した内容でした”と大変喜んで頂きました。

 

この種の質量分析セミナーや大学の講義で話す時、主テーマが定性分析であっても定量分析であっても、必ず説明する重要な事が2つかあります。

 

1つは、分子の質量と分子量の正しい使い分けを説明する事です。マススペクトルから得られる情報は幾つかありますが、先ずは分子の質量情報であり、分子量情報ではないと言う事です。それは、このブログで書いています。

 

もう1つは、質量とm/zの正しい使い方について。セミナーや学会発表等において、LC/MSで得られたマススペクトルの説明で、イオンのm/z値の替わりに無条件で質量とかDaとかと言ってしまっているケースが散見されます。GC/MSであればそれは殆ど問題になりませんが、LC/MSでは問題になります。それは何故か...

 

マススペクトルの横軸はm/zであって質量ではないからです。m/zmはイオンの質量(を統一質量単位で割った値)、zはイオンの電荷数ですから、zが1の時にm/z値はそのイオンの質量に等しくなります(電子の質量を無視すれば)。しかし、LC/MSで得られるマススペクトルでは、測定する化合物によっては多価イオンが得られます。つまり、マススペクトルで観測されているイオンが1価イオンである事を言わずにm/z値を質量に置き換えて説明する事は、正しくない事になります。私は、セミナー等では、必ずその事を説明しています。

 

今回のセミナーを企画してくれた担当の方が、“こんなに為になる講義は、もっと色々な会社や大学でもやるべきだ”と言って下さいました。

 

このブログに書きましたが、4月から新たに立ち上げるベンチャーに関わる関係で、3月までの期間限定で、セミナーやコンサルティングの価格を大幅に下げました。この機会に是非ご相談下さい。

 

 

 

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大学発ベンチャーの設立

9月から研究サポートでお邪魔している大学で、来年4月に大学発ベンチャーを設立する予定で、それに関わる事になりました。今の会社エムエス・ソリューションズも継続するので、暫くは二足の草鞋を履く事になります。そして、4月以降、多分その準備期間から、新しい会社にある程度軸足を移す事になるので、今の仕事、LC/MSコンサルティングやセミナーを受ける件数は減らさざるを得ない状況になります。

 

新しいベンチャーでどんな業務をするかについては、追ってご紹介したいと思います。

 

3月までに出来るだけ空いている日を減らしたいと言う思いから(実際年明けは仕事が入っていない日が結構ある)、コンサルティングや技術指導、セミナーの価格を、3月までの期間限定で大幅に値下げしました。この機会に、是非ご利用下さい。私が一日伺ってLC/MSの状況を見れば、必ずより効率的な運用方法をご提案します。

 

詳細はお問合せ下さい。

 

 

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お客様の声を追加しました

LC-MS/MSによる構造解析のご依頼を何度か頂いた研究機関の方から、お客様の声を頂きました。

今後も、LC/MSの現場でお役に立てる仕事をしていきます。

 

LC-MS/MSによる構造解析は弊社の最も得意な分野です。安心してお任せ下さい。

 

 

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株式会社情報機構のLC/MS定量分析セミナー

1122日(木)、株式会社情報機構のセミナーで講師を務めてきました。講義のタイトルは、「LC/MSの基礎、およびLC/MS, LC/MS/MS定量分析入門」としました。

送った資料を、こんな立派なテキストに仕上げてくれました。

DSC_2792

DSC_2792

 

企業の分析現場で、LC/MS, LC/MS/MSを用いて定量分析を行っている人達の中には、マススペクトルを殆ど見た事がない人が多く居ると聞いた事があります。LC/MS(/MS)は高感度で高選択的な機器分析なので、定量分析に用いられる割合が多いのは事実ですが、本来MSはマススペクトルを得るための定性分析中心の方法なので、定量分析目的であってもマススペクトルの最低限の解釈の仕方は理解しておくべきと言うのが私の考えです。

 

そんな訳で、定量分析入門と言いながら、マススペクトルの読み方について十分で且つ正しい内容を盛り込みました。MSメーカーの無料セミナーを何度が聴いた事があるのですが、中には厳密に言うと正しくない内容のものが結構あります。私は真の専門化として、現時点での質量分析学的にキッチリ正しい内容を伝えられるように日々勉強しています。

 

また、主なLC-MSメーカーのMS調整画面のハードコピーを使って、それぞれ共通の役割をもつパラメーターとその働き、調整する時の基本的な考え方などをお話ししたのですが、後のアンケートを見ると、その部分の話しが役に立ったというご意見がありました。LC-MS装置は、7社以上のメーカーから発売されていて、構造は概ね似ているものの、各社でパラメーターの名称が異なっているため、機能は同じなのに、各社のどれがどれに対応しているのか分からないと言う人はとても多いと思います。今回は、その内容を盛り込んでみた訳です。

 

その他には、「定量に用いるイオンを選択する時の考え方が分かった」や「丁寧な説明で分かり易かった」などのご意見がありました。一日かけてのセミナーは久しぶりで一寸疲れましたが、やって良かったです。

 

またご依頼頂ければ、受けようと思っています。

 

 

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質量分析屋のブログでは小平市を拠点とする日々の活動やお役立ち情報をご紹介しております

東京都小平市にあるエムエス・ソリューションズ株式会社のブログでは、企業様や研究機関における技術指導やセミナーなど日々の活動のご紹介をはじめ、大学での講義の模様などもご案内しております。
当社がどのようなサービスをご提供しているか検討材料にしていただけるのはもちろん、質量分析の最新情報やノウハウなどもご紹介しておりますのでぜひご参考になさってください。
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